Ponemos a calentar el aceite en una cazuela a fuego medio.Mientras se calienta pelamos y cortamos la cebolla en cubitos pequeños y el ajo en tiras finas.Una vez caliente echamos la cebolla, cocinamos 2 minutos e incorporamos el ajo.Mezclamos muy bien y cocinamos 2-3 minutos más.
Una vez que la cebolla esté más bien transparente añadimos los pimientas en cubitos, mezclamos y cocinamos 10 minutos a fuego medio.Añadimos el calabacín y la berenjena cortados en cubitos.Cocinamos un minuto mezclando bien.Echamos el agua mezclada con el vinagre, rebañamos muy bien todo lo que se podría haber pegado en el fondo rascando un poco.
Salpimentamos al gusto, añadimos el tomate rallado y una vez que rompa a hervir bajamos el fuego y cocinamos tapado 35 minutos.Pasado el tiempo añadimos el tomillo y cocinamos destapado a fuego fuerte 2 minutos.Vigilar y remover para evitar que se nos queme.Comprobamos que está de sal y pimienta a nuestro gusto y ya está listo para comer.
Notas
CONSEJO: Si el sabor de la berenjena te parece muy fuerte puedes cocinarla (previamente cortada en cubitos) en una sartén a parte con un poco de aceite 4-5 minutos mientras se van cocinando los pimientos.